Babası Sultan III. Ahmet, annesi Emine Mihr-î-Mâh Sultan'dır. Babasının 1730'da padişahlıktan çekilmesinden sonra yirmi yedi yıl kafes hayatı yaşamıştır. Amcasının oğlu III. Osman'ın ölümü üzerine 1757'de tahta geçmiştir.
Başa geçtikten sonra sadrazam Koca Ragıp Paşa'yı görevde bıraktı. Malî durumu düzeltmek için sarayın giderlerini azalttı ve yolsuzlukların üzerine gitti ancak başarılı olamadı. Orduda topçu sınıfını düzeltmek için Baron de Tott'a "Sürat topçuları" adında askerî bir birlik kurdurdu. Rusların 1770'te Çeşme'de Osmanlı donanmasını yakmaları üzerine yeni bir donanma hazırlanmasına çalıştı. Bu donanmanıın subaylarını yetiştirmek üzere 1773 yılında Mühendishane-i Bahr-i Hümayun'u kurdurdu.(Aslında bu genel bir yanlış olup Mühendishane-i Bahr-i Hümayun 1775 yılında I.Abdülhamid zamanında kurulmuştur.) Laleli Camii'ni yaptırdı. Ayrıca depremde yıkılan Fatih Camii'ni yeniden yaptırdı.
Saltanatının son dönemine 1768-1774 Osmanlı-Rus Savaşı hâkim oldu. III. Mustafa ordusunun zayıflığını bilmekle beraber II. Katerina döneminde Rusya'nın Lehistan'a yaptığı müdaheleler yüzünden Rusya'ya karşı savaş ilan etti. Savaş sırasında Baltık Denizi'nden yola çıkan Rus Donanması Çeşme'de Osmanlı donanmasını yaktı. III. Mustafa savaşı bitirmek için girişimlerde bulundu ancak başarılı olamadı. Savaş sürerken öldü. Laleli de kendi yaptırdığı Laleli Külliyesi nin içindeki III.Mustafa Türbesi'nde yatmaktadır. Osmanlı Devletinde ilk kez iç borçlanmaya gidilmiş, Galata Bankerlerinden borç alınmıştır (Esham Sistemi).
